Ipinaliwanag: Ang mutated coronavirus versus tests, mga bakuna

Mga bagong bakuna at pagsusuri sa coronavirus kumpara sa Covid-19: Ang variant ng coronavirus na umiikot sa UK ay tinukoy ng maraming mutasyon. Alin sa mga ito ang partikular na inaalala? Bakit pinayuhan ng WHO na maaaring iwasan nito ang ilang mga pagsusuri sa PCR, at maaari ba itong makaapekto sa pagbabakuna?

Isang phial ng Pfizer-BioNTech Covid-19 na bakuna sa Guy's Hospital sa London. Habang nag-mutate ang virus sa ilang lugar, karamihan sa mga bakuna ay nagta-target ng maraming bahagi. (Larawan ng AP: Frank Augstein)

Sa umuusbong na impormasyon tungkol sa bagong variant ng coronavirus SARS-CoV-2 na umiikot sa UK, isang mutation ay partikular na nababahala. Ang variant, na tinatawag na VUI 202012/01 at iniulat na may kakayahang magpadala ng mas mabilis sa mga tao, ay tinukoy ng kasing dami ng 14 na mutasyon at tatlong pagtanggal sa genetic material nito. Ang partikular na pag-aalala ay isang mutation, N501Y. Habang pinag-aaralan pa rin ang potensyal ng variant na makaapekto sa mga resulta ng pagsubok at pagbabakuna, malaki ang pag-asa ng mga awtoridad sa kalusugan na gagana pa rin ang karamihan sa mga pagsusuri at bakuna.

Ano ang mutation?

Ang mutation ay nangangahulugan ng pagbabago sa genetic material. Sa isang RNA virus tulad ng SARS-CoV-2, ang mga protina ay gawa sa isang sequence ng mga amino acid. Ang nasabing virus ay naglalaman ng mga 30,000 'base pairs', na parang mga brick na inilagay sa tabi ng isa't isa upang bumuo ng isang istraktura. Ang isang pagbabago sa base na ito ay maaaring isang mutation, na epektibong nagbabago sa hugis at pag-uugali ng virus.

Sa variant ng UK, dahil sa isang mutation, mas malamang na magbigkis ang virus sa mga protina ng tao na tinatawag na mga receptor. Ito ay tinatawag na N501Y.

Ano ang N501Y?

Sa simpleng salita, ang amino acid na kinakatawan ng titik N, at naroroon sa posisyon 501 sa coronavirus genetic structure, ay pinalitan sa posisyon na iyon ng isa pang amino acid, na kinakatawan ng Y. Ang posisyon kung saan naganap ang pagbabagong ito ay nasa domain ng receptor-binding ng spike protein. (Ito ang spike protein ng virus na nagbubuklod sa receptor ng tao.)

Samakatuwid, pinataas ng mutation ang nagbubuklod na pagkakaugnay ng coronavirus. Ang mutated virus ay naiulat na bumubuo ng 60% ng mga kamakailang impeksyon sa London.

Ayon sa database ng Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID), ang parehong mutation sa receptor binding domain ay independyenteng naiulat sa ilang bansa kabilang ang South Africa at Australia. Ipinakita ng pagsusuri ng pagkakasunud-sunod na ang mutation na ito ay nagmula nang hiwalay sa UK at South Africa.

Paano ang iba pang mga mutasyon ng coronavirus?

Ang mga mutasyon ay karaniwan, ngunit ang karamihan sa mga ito ay hindi nagdudulot ng pagbabago sa istruktura ng mga protina na kanilang na-encode - ang mga ito ay tinatawag na 'magkasingkahulugan' na mga mutasyon, dahil sa kalaunan ay isinasalin ang mga ito sa parehong mga amino acid. Ang isa pang uri ay ang 'non-synonymous' na mutation, na maaaring magresulta sa pagbabago ng amino acid.

Sa variant na umiikot sa UK, mayroong anim na magkasingkahulugan na mga pagbabago at labing-apat na hindi magkasingkahulugan na mga mutasyon. Bilang karagdagan, mayroong tatlong 'pagtanggal' - mga amino acid na inalis mula sa pagkakasunud-sunod.

Ayon sa World Health Organization (WHO), maliban sa N501Y, ang mga mutasyon na maaaring maka-impluwensya sa transmissibility ng virus sa mga tao ay P681H at HV 69/70.

At ano ang P681H at HV 69/70?

P681H : Ang mutation na ito ay naganap sa amino acid na nasa 681 — isa pang posisyon sa receptor-binding domain. Dito, ang amino acid P ay pinalitan ng H. Sinabi ng US Centers for Disease Control (CDC) na ito ay isang site na may mataas na pagkakaiba-iba sa mga coronavirus, at ang partikular na mutation na ito ay kusang lumitaw din ng maraming beses. Sinabi ng WHO na ang mutation na ito ay may biological significance.

Nauna nang ipinakita ng mga mananaliksik na ang mutation na ito ay maaaring magsulong ng pagpasok sa mga respiratory epithelial cells at paghahatid sa mga modelo ng hayop.

Ang mga kamakailang sample na sequenced sa African Center of Excellence for Genomics of Infectious Diseases, Redeemer's University, Nigeria ay nagpakita ng P681H sequence doon. Gayunpaman, sinasabi ng mga mananaliksik na sa kasalukuyan, wala silang ebidensya upang ipahiwatig na ang variant ng P681H ay nag-aambag sa pagtaas ng paghahatid ng virus sa Nigeria.

HV 69/70 : Ang mutation na ito ay resulta ng pagtanggal ng mga amino acid sa mga posisyon 69 at 70. Ang mga posisyon na ito ay muli sa spike protein ng virus. Ang pagtanggal na ito ay naobserbahan din sa France at South Africa. Sinabi ng CDC : Ang dobleng pagtanggal na ito ay kusang nangyari nang maraming beses, at malamang na humantong sa pagbabago sa hugis ng (ibig sabihin, isang pagbabago sa konpormasyon sa) spike protein.

Ang mga mananaliksik sa ngalan ng COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK), na nag-red-flag sa bagong variant sa UK, ay nagsabi sa kanilang paunang ulat na ang pagtanggal na ito ay nakita din sa isang pagsiklab na nauugnay sa mink sa Denmark. Sa mga tao, ang pagtanggal na ito ay nauugnay sa isa pang mutation, ang N439K, na muling naganap ang domain na nagbubuklod ng receptor.

Binigyang-diin ng WHO na ang pagtanggal na ito ay maaaring makaapekto sa pagganap ng ilang mga pagsusuri sa RT-PCR na nakakakita ng novel coronavirus.

Paano ito makakaapekto sa mga pagsusuri sa RT-PCR?

Sinabi ng WHO na ang pagtanggal sa mga posisyon na 69/70 ay nakitang makakaapekto sa pagganap ng ilang diagnostic PCR assays na gumagamit ng 'S gene target' (sa 'S' o spike protein). Gayunpaman, sinabi rin ng WHO, karamihan sa mga pagsusuri ng PCR sa buong mundo ay gumagamit ng maraming target at samakatuwid ang epekto ng variant sa mga diagnostic ay hindi inaasahang maging makabuluhan.

Ang CDC, masyadong, ay nagsabi na ang karamihan sa mga komersyal na pagsusuri sa PCR ay may maraming mga target kung saan natukoy nila ang virus, upang kahit na ang isang mutation ay nakakaapekto sa isa sa mga target, ang iba pang mga target ng PCR ay gagana pa rin.

Sa katunayan, ang impeksiyon na na-trigger ng bagong strain sa UK, ay nakita rin ng conventional RT-PCR test.

Ang mga laboratoryo na gumagamit ng in-house na PCR assay na nagta-target sa S gene ng virus ay dapat ding magkaroon ng kamalayan sa potensyal na isyu na ito. Upang limitahan ang epekto sa mga kapasidad ng pagtuklas sa mga bansa, ang isang diskarte na gumagamit ng iba't ibang mga assay sa parallel o multiplex na mga assay na nagta-target ng iba't ibang mga viral gene ay inirerekomenda din upang payagan ang pagtuklas ng mga potensyal na lumalabas na mga variant, ang inirekomenda ng WHO.

Makakaapekto ba ito sa pagbuo ng bakuna?

Sinabi ng CDC na ang mga bakunang inaprubahan ng US Food and Drug Administration (FDA) ay polyclonal, na gumagawa ng mga antibodies na nagta-target ng ilang bahagi ng spike protein.

Malamang na kailangan ng virus na mag-ipon ng maraming mutasyon sa spike protein upang maiwasan ang immunity na dulot ng mga bakuna o ng natural na impeksyon, sinabi nito.

At sinabi ng WHO: Ang mga pag-aaral sa laboratoryo ay nagpapatuloy upang matukoy kung ang mga variant na virus na ito ay may iba't ibang biological na katangian o binabago ang pagiging epektibo ng bakuna. Walang sapat na impormasyon sa kasalukuyan upang matukoy kung ang variant na ito ay nauugnay sa anumang pagbabago sa kalubhaan ng klinikal na sakit, pagtugon sa antibody o pagiging epektibo ng bakuna.

Ibahagi Sa Iyong Mga Kaibigan: